人物生平
自幼失怙
吕留良生于崇祯二年正月二十一日（1629年2月13日），出身封建仕宦家庭，祖上在明朝世代为官。其父吕元学曾任繁昌知县，主要功绩是将繁昌县的三台山修筑完成，后因病辞官，回归故里，为人乐善好施。吕元学正妻郭氏，为元学育子3人：大良、茂良、愿良。天启元年（1621）之后，吕元学娶侧室杨氏，生第四子瞿良。
崇祯元年（1628）九月，吕元学病逝。4个月之后，即崇祯二年（1629）正月二十一日，侧室杨氏在崇德县登仙坊祖居生下遗腹子吕留良。由于其父早逝，杨氏体弱多病，留良由三兄愿良夫妇扶养。三岁，嫂亡，过继堂伯父鸿胪寺丞元启为子。
吕留良幼时即“颖悟绝人，读书三遍辄不忘”，八岁能文，十岁时，三兄愿良建澄社于崇德，东南士子千余人，往来聚会，征选诗文，评议朝政，留良深受影响。崇祯十四年（1641），孙子度建征书社于崇福禅院。时留良十三岁，以诗文入社，大得子度赞赏，并被视为畏友。吕留良博学多艺，有二十四绝技，“凡天文、谶纬、乐律、兵法、星卜、算术、灵兰、青乌、丹经、梵志之书，无不洞晓。工书法，逼颜尚书、米海岳，晚更结密变化。少时能弯五石弧，射辄命中。余至握槊投壶、弹琴拨阮、摹印斫砚，技艺之事皆精绝。然别有神会，人卒不见其功苦习学也。”
抗清失利
顺治元年（1644年）明亡后，三兄吕愿良随史可法镇守扬州，吕留良与侄儿吕宣忠（长留良四岁）于顺治二年（1645年）散家财召募义勇，与入浙清军抗衡。宣忠曾署总兵都督佥事。当时，在其友人董时雨的操持之下，四处连络，苦心经营。监国鲁王加封宣忠为扶义将军，给与敕印，令其还至太湖，率部抗清。后大战清兵于澜溪（太湖下游，乌镇附近），兵败。宣忠遣散所部，入山为僧，后因探父病回家被捕遇害。就义之日留良曾为其送行。国仇家恨，使留良痛心疾首，乃至“幼素有咯血疾，方亮工（吕宣忠）之亡，一呕数升，几绝。”后来他把这一时期的诗作结集称为《万感集》。由于在抗清战斗左股中箭，留下终身创伤。《厉耦耕诗》记载有“箭瘢入骨阴辄痛，舌血溅衣洗更新”的诗句。其弟子严鸿逵注谓：“子自言左股曾中箭，遇天雨辄痛。”吕留良兵败后隐居行医，他虽于清顺治十年（1653）改名光轮，应试得诸生，但一直与坚持抗清的张煌言等保持联系。后来雍正因此在《大义觉迷录》中指责他“于顺治年间应试，得为诸生，嗣经岁科屡试，以其浮薄之才，每居高等，盗窃虚名，夸荣乡里……按其岁月，吕留良身为本朝诸生十余年之久矣，乃始幡然易虑，忽号为明之遗民。千古悖逆反复之人……”对于这段应考经历，吕留良在其后的诗文中多次表示了深深的反悔与自责，他一直以“失脚”来比喻这次出试：“谁教失脚下渔矶，心迹年年处处违。雅集图中衣帽改，党人碑里姓名非。苟全始信谈何易，饿死今知事最微。醒便行吟埋亦可，无惭尺布裹头归。”
顺治八年（1651）冬，其兄吕愿良在贫病饥寒中死去。由于儿子宣忠已死，吕留良为其操办后事。顺治十一年（1655），陆文霦约请吕留良一起评选八股文时，吕留良欣然应允。于是，他们两人在吴门集市租了一间房子，从事评点工作。因为他们评选的是从清朝入主中原后顺治三年（1646）开始八股取士到顺治十一年（1654）共五科的文章，故名《五科程墨》。留良借评选时文以宣扬“华夷之分大于君臣之伦”，其民族气节对士人学子影响极大。
倾接儒士
顺治十六年以后，吕留良结识浙东余姚著名学者黄宗羲、黄宗炎兄弟和宁波隐士高斗魁。吕留良嗜砚成癖，曾自言：“予幼嗜砚石，所蓄不下二三十枚。”吕留良的长子葆中称父亲吕留良“摹印斫砚，技艺之事皆精绝”。黄宗羲从其所好，赠予吕留良一方八角砚。吕葆中即于此时从黄宗羲问学。两年后，二兄茂良以留良外务过多，荒废学业，强留于崇德西门内祖居友芳园之梅花阁，教子侄辈读书。康熙二年（1663），黄宗羲应聘至梅花阁执教。留良与宗羲、宗炎、吴之振、吴自牧、高旦中等，相聚于园内水生草堂，诗文唱和。又与之振、自牧共选编《宋诗钞》九十四卷。留良为所选八十余位宋代诗人撰写小传。
康熙五年（1665），浙江学使至嘉兴考核生员，留良拒不应试，被革除诸生。此举震惊社会，而留良怡然自得。从此归隐崇德城郊南阳村东庄（在今桐乡县留良乡），自开天盖楼刻局，继续选刻时文出售，并提囊行医，以自隐晦。其时诗朋文友大半散去，独与张履祥、何商隐、张佩葱，专攻程朱理学，创立南阳讲学堂，设馆授徒。身益隐而名益高。八年（1668）迎理学大儒张履祥至东庄讲学，“共力发明洛闽之学”。另一方面他又编辑刻印程朱遗书，“以嘉惠学者”。此时他继续从事时文评选工作。他开“天盖楼”刻局，自选自刻，自己经营发行，一时之间“天盖楼”选本风行全国。吕留良通过评选八股文，宣传他严“夷夏之防”和恢复“井田”、“封建”制的政治主张。这也就是《行略》中所说的“其议论无所发泄，一寄之于时文评语，大声疾呼，不顾世所讳忌。”此时吕留良曾频频出游，写了相当数量的记游诗。他约友人同游南北湖，即景赋诗，许多诗篇都富有强烈的反清意识。这三十多首纪游诗，成集时题为《真腊凝寒集》。另外吕留良还结交了黄虞稷、周在浚等一批新友，写了许多唱和诗，全都收在《零星稿》中。吕留良与黄宗羲由于立身旨趣的歧异，后则绝交。
拒仕为僧
吕留良晚年，正值清政府对文人进行软硬并施、加强专制统治的时期。康熙十七年（1678）清廷开博学鸿词科，企图笼络当时的一批名士。浙江当事首荐吕留良，留良固辞乃始得免，而与他同时代的汉人汤斌则欣然应试，由于缺乏竞争，后得中高官。康熙十九年（1680），清廷为了进一步拉拢和软化明遗民，征聘天下山林隐逸，嘉兴郡守复荐留良。吕留良在被逼无奈之下，只好削发为僧，取法名耐可，字不昧，号何求老人，去吴兴埭溪之妙山，筑风雨庵，隐居讲学，门人弟子亦甚众。康熙二十一年秋，吕留良与门人子侄三游南北湖，按出游日程写了一组纪游诗，编成诗集名为《东将诗》。这时大清江山日益稳固，吕留良时刻惦记的抗清复明基本上已成泡影，这愈发增加了他的愤世嫉俗之感。
留良早衰，年四十余须发灰白齿落过半，且幼有咯血疾，遇有怫郁即发。康熙二十二年（1683），留良重游杭州，所写诗篇收入《欬气集》中。是年八月，因病与世长辞，终年五十五岁。临终前数日，仍勉力补辑《朱子近思录》及《知言集》，作《祈死诗》六篇，子侄弟子劝其休息，答道：“一息尚存，不敢不勉。”临终时勉励门人“细心努力为学”，告诫后人一定要恪守“孝友大义”。忽然又说：“我此时鼻息间气，有出无入矣。”门人呼“先生”，留良答曰：“人皆如此！”声音半涩而字义楚楚。随令众人退出，作揖“拱别者三四”。于是从容正容，展伸其足，叉手安寝而逝。留良逝后，“远近之士闻者莫不震悼失图，以为斯道之不幸”。八月十七日，何商隐来吊，泣道：“二十载交情毕矣。伤心！伤心！”陈执斋、陆稼书为文祭奠，黄宗炎作诗哭之，查慎行亦有《挽吕晚村徵君》诗。十一月二十九日，留良葬于识村祖茔（在今晚村乡识村东长板桥之西）。
夫人姓范，有子七人：公忠（葆中）、主忠、宝忠、诲忠、补忠、纳忠、止忠（毅中）。
祸及后人
吕留良去世后，其弟子及曾静等人崇奉留良其说、为其广播，后曾静策动川陕总督岳钟琪反叛，被告发下狱，牵连吕的两个学生。吕亦被剖棺戮尸，著作则被焚毁。雍正在《大义觉迷录》骂吕留良：“夫普天之下，莫非王土；率土之滨，莫非王臣。吕留良于我朝食德服畴，以有其身家，育其子孙者数十年，乃不知大一统之义！”传说其孙女（一说女儿）吕四娘将雍正帝刺杀。
辛亥革命后，冤案昭雪。浙督汤寿潜改西湖彭公祠崇祀三贤，列留良为三贤之一。知县及地方绅耆，为建新墓，筑纪念亭于孔庙后，蔡元培为之书额及联，立碑以垂不朽。今县境有留良、晚村两乡，用其名号命名，并于崇福镇筑吕园以为纪念。而近代革命家邹容在扼腕叹息之余更称当时宠荣一时的汤斌为“驯静奴隶”。
主要成就
藏书成就
吕留良藏书颇富，清初，祁氏“澹生堂”藏书散出，争购者颇多。当时黄宗羲在石门讲学，他与黄宗羲为争购祁氏图书而不和，他得书3000余册，精本亦多。全祖望《小山堂祁氏遗书记》记其故事甚详。家有藏书楼为“不远复堂”、“二妙亭”、“天盖楼”、“南阳耕钓草堂”、“风雨庵”、“讲习堂”等。藏书印有“南阳村庄吕晚村藏书”、“南阳讲习堂抄书”、“吕氏藏书”、“耻斋”、“不远复堂”、“难得几世好书人”、“御儿吕氏讲习堂经籍图书”等章。家被抄斩后，藏书和著述亦多被焚毁，四库开馆时，查禁焚毁所有著作。今存《吕用晦文集》、《东庄吟稿》。与吴之振合辑有《宋诗抄》等数种。长子吕葆中，字无党，继承其藏书，家有藏书楼“观稼楼”、“玉乳山房”、“吾研斋”、“只拙斋”等，并有多枚藏书印，如“东莱吕氏明农草堂藏书印”、“南阳讲习堂”等。
著述名录
吕留良为学尊朱辟王，推明儒学本旨，精治《四书》，详辨夷夏之别，其著述由门人辑为《四书语录》、《四书讲义》、《吕子评语》等。后人曾编有《吕晚村先生文集》八卷、《东庄诗存》七卷、《续集》四卷；《惭书》一卷；与吴之振，吴自牧合选《宋诗钞初集》，与张履祥合选《四书朱子语类摘抄》三十八卷；又有《精选八家古文》及后人汇刻其时文评语数种；刻印其遗文墨迹若干卷。此外，雍正《大义觉迷录》中引用其日记多条。留良自幼推崇朱熹，为文似朱熹，翻澜不已，善于说理；诗学杨万里、陈师道，深情苦语，令人感怆。近人邓之诚说：“以诗文论，诚宗羲劲敌，唯史学不如。”
身后大事
“大逆”罪
吕留良是在死后49年时，即清雍正十年（1732年），受湖南儒生曾静反清一案牵连，被雍正皇帝钦定为“大逆”罪名，惨遭开棺戮尸枭示之刑，其子孙、亲戚、弟子广受株连，无一幸免，铸成清代震惊全国的文字冤狱。吕氏的民族节慨与反清复明思想，多见于其著作《吕晚村先生文集》、《东庄吟稿》等。他的反清思想表现为激烈行动的，清康熙五年（1666年）拒不应试，被革除诸生，当时朝野为之震惊。尔后，康熙十七年、十九年，两次不应“征辟”、决意出家为僧、遁迹吴兴县妙山，筑风雨庵著书、讲学，所著诗词文章多有“谤议及于皇考”言论。这一时期，可以看出持异端的知识分子还是有一定生存“自由度”的。雍正七年（1729年）的“曾静案”，使吕留良获罪的原因主要是他的著作、日记和书信。他在日记中多有“谤议及于皇考”的言论，被定为“思想罪”。辛亥革命后，吕留良被尊为反清志士，始得昭雪翻案，崇德地方官绅民众筹资为其建亭立碑。
受牵连的人
近有论者以为：清初屡兴文字狱，而通盘由武力镇压转向思想统制，则是从雍正开始。这一“思想统制”的结果，是终于转移了有清一代的士风、大大加强了读书人的奴性。雍正十年（1732年）判决：吕留良及其子葆中已身故，俱戮尸枭示；次子毅中改斩立决，诸孙发遣宁古塔给披甲人为奴。 因吕案受牵连的还有吕留良的学生严鸿逵，他在日记中记载：“索伦地方，正月初三日地裂，横一五里，纵三千里，飞起石块，后出火，居三千内居人全迁避”，又有：“热河水大发，淹死满人两万余”。朝廷给他定的罪是“拾吕留良之唾余，而尤加幻妄，岂非凶逆性成？万死有余之逆贼呼？”吕案中还有一个受牵连的人是严鸿逵的学生，叫沈在宽。他在一首诗中有“更无地著避秦人”，还有一首诗说：“陆沈不必由洪水，谁为神州理旧疆”。因为吕案受牵连的人还有：车鼎丰、车鼎贲、孙用克、周敬与、房明畴、金子尚、张圣范、朱羽彩、朱霞山、朱芷年等。就在这一年，清政府为了强化“文字狱”的成果，雍正皇帝将去世45年后的汤斌树立为汉臣榜样进行表彰并入祀贤良祠，其目的是让汉人知识分子都来效法汤斌。
雍正十二年十二月，经刑部会审，判严鸿逵与吕留良党恶共济，诬编妖言，应凌迟处死，但因为已经死亡，固枭尸示众，他的祖父、父亲、子孙兄弟及伯叔父兄弟之子男十六以上者皆斩立决，男十五以下者及严鸿逵之母女、妻妾、姐妹俱给功臣之家为奴。沈在宽传吕留良、严鸿逵之邪说，猖狂悖乱，尤宜速正典刑，凌迟处死。其嫡属均照律治罪。黄甫奄自称私淑门人，所作诗词，荒唐狂悖，斩立决，妻妾子女给功臣家为奴，父母兄弟流放二千里。车鼎丰、车鼎贲刊刻逆书；孙用克阴相援结，周敬与甘心附逆，私藏禁书，判斩监侯。被惑门徒房明畴、金子奇、革去生员，杖一百，流放三千里；陈祖陶、沈允怀、沈成之、董吕音、李天维、费定员、王立夫、施由、沈斗山、沈惠侯、沈林友、革去教谕、举人、监生、生员，杖一百，判三年徒刑。
流放宁古塔
雍正十二年，吕留良后人60余口，长途跋涉，历尽艰难，从江南水乡发遣到北疆。吕留良后人到宁古塔后，拨给宁古塔将军都赉部下驻防旗人为奴。按着清代法律，对于“谋反大逆”为奴的人身控制，远比一般奴仆为严。即使已经过了好几代，仍然不许改变身份，不许“出户为民”。吕留良系“大逆重犯”，所以世代被置于“奴籍”的深渊之下，饱受人间的屈辱。
乾隆元年九月甲辰，上谕有曰：“著各该将军等查明现在为奴人犯内，有曾为职官及举，贡、生、监出身者，一概免其为奴，即于戍所，另编入该旗、该营，令其出户当差。”
吕氏诸人
吕氏诸人系反叛重犯的子孙，本不属免放之例。但由于清政府户部官员办理错误，按轻罪有职人员处理，吕留良后人得以免除奴籍开户。原经发遣宁古塔的吕姓共12户，男妇大小及家人仆妇等111名，俱分编入旗。吕留良孙辈吕懿兼、曾孙吕念先等于乾隆二年得旨随旗当差以后，遂各自谋生。吕懿兼学医，吕念先做医药生意，后开春雨堂药铺，兼经营米盐。吕敷先早年读书，稍长则在永泰号学习生意，后据有其铺，兑换赫哲弗雅哈等处貂狐皮张，又在宁古塔旗人中间放高利贷；后又在东京城开烧锅一座。吕衡先学习面铺生意，兼做官参牙行，换赫哲弗雅哈貂皮，及向领票刨参之人放高利贷。大约是经营得法，吕氏后人也一度小康。据后来吉林将军衙门移咨，查抄吕氏后人家财：吕懿兼房13间。吕敷先房165间、地414垧、烧锅一处；吕衡先房35间、地50垧、盐25000斤；吕念先草房28间、银300两、药铺一座；其余银两牲畜家俱亦不少。
吕懿兼曾任宁古塔医官，后因旗人不准，被副都统增海革职，愤懑不平，为从奴籍的重压下彻底解脱出来，于乾隆三十八年四月捐纳监生。吕敷先见吕懿兼已经捐监，亦欲告假上京捐纳监生，该管官以吕敷先属于谪戍之人，不准出境。后来吕敷先由宁古塔私逃到奉天控告该管官，并说出他的堂叔吕懿兼已经捐监，并有户部国子监执照，因此，吕懿兼、吕敷先被拘提严审。清廷终以违例捐监之罪，复将吕氏第三子、第七子、第九子后人重发齐齐哈尔隶水营为兵，其余交当地管官严加管束，并永远禁止考试纳捐。
吕氏后人遣戍齐齐哈尔，各书记载多语焉不详，惟章太炎云：“……民国元年，余至齐齐哈尔，释奠于用晦影堂。后裔多以塾师、医药、商贩为业，土人称之曰老吕家。虽为台隶，求师者必于吕氏，诸犯官遣戍者，必履其庭，故土人不敢轻，其后裔亦末尝自屈也。除开原铁岭以外，皆故胡地，无读书识字者，宁古塔知书，由方孝标后裔诸戍者开之（按杨安城启发最深，不仅孝标一人）。齐齐哈尔知书，由吕用晦后裔谪戍者开之，至于今用夏变夷之功亦著矣。”
清政府1909年颁发新律时，规定禁止蓄奴，至此，吕氏子孙才摆脱了为奴作婢的命运。